يعتبر مركز التربية الدينية المؤسسة الروحية الجامعة في الكنيسة حيث تعود إليه إدارياً جميع الفعاليات الروحية ويتألف في كنيسة مار أفرام من الأخويات التالية:


أولاً : أخويّة أطفال يسوع الإبتدائيّة :
تضم هذه الأخوية المراحل من الصف الأول وحتى السادس الأساسي وتجتمع أسبوعياً يوم الجمعة الساعة 2 بعد ظهراً .


ثانياً : أخويّة مار بولس الإعداديّة :
تضم هذه الأخوية المراحل من الصف السابع وحتى التاسع الأساسي وتجتمع أسبوعياً يوم الجمعة الساعة 4 مساءً .


ثالثاً : أخويّة مار بطرس الثانويّة :
تضم هذه الأخوية المراحل من الصف الأول وحتى الثالث الثانوي وتجتمع أسبوعياً يوم السبت الساعة 4 مساءً .


رابعاً : أخويّة مار يوحنا الجامعيّة :
تضم هذه الأخوية الشباب والشابات الجامعيين والخريجين الجامعيين وتجتمع أسبوعياً يوم الأثنين الساعة 6 مساءً .


خامساً : أخوّية المرأة السريانيّة :
تضم هذه الأخوية السيدات في رعية مار أفرام بحمص وتجتمع أسبوعياً يوم الثلاثاء الساعة 5 والنصف مساءً .


سادساً : خدام مركز التربية الدينية :
تضم مسؤولي ومرشدي ومساعدي المراحل التعليمية في المركز .